El entorno de Ilundain es apropiado para la apicultura, donde las abejas disponen de vegetación variada. Disponemos de un colmenar tradicional con 8 colmenas, de las que extraemos miel cada temporada para el consumo del personal de la Fundación y otros compromisos. Estamos integrados en la Asociación de Apicultores de Navarra, con la que colaboramos habitualmente.

La sala de apicultura es un espacio para exposición de colmenas antiguas, convencionales y singulares así como otros materiales apícolas. Aquí se realizan los trabajos de extracción y envasado de miel. También es un espacio didáctico para realizar talleres de apicultura con los escolares u otros grupos.