La escasez de agua dulce es ya un problema importante a nivel mundial, que se va a agravar como consecuencia del calentamiento global. La gestión de este recurso debe ser cada vez más eficiente y responsable.
 
El sistema biólogico de depuración de las aguas residuales de Ilundain está funcionando desde julio de 2008. Es un sistema singular y didáctico, acorde al espíritu de la Fundación. Se basa en un sistema de 3 balsas de decantación, que parte de una separación previa de los sólidos, y un tratamiento biológico posterior de los residuos que no son filtrados. Al final del proceso el agua se vierte a la regata.