El entorno de Ilundain es apropiado para la apicultura, donde las abejas disponen de vegetación variada. Disponemos de un colmenar tradicional con 25 colmenas, de las que extraemos miel cada temporada para el consumo del personal de la Fundación y otros compromisos. Estamos integrados en la Asociación de Apicultores de Navarra, con la que colaboramos habitualmente.

En la sala de apicultura se realizan los trabajos de extracción y envasado de miel. 

El taller de apicultura se realiza en la casa del/la granjero/a, donde se exponen colmenas antiguas, convencionales y singulares así como otros materiales apícolas. También es un espacio didáctico donde se trabajan diferentes aspectos de la apicultura.